Kepentingan domain sebagai blok binaan struktur dan elemen evolusi telah menghasilkan banyak kaedah automatik dalam pengecaman dan pengelasannya dalam protein struktur yang diketahui. Prosedur automatik penetapan domain yang boleh dipercayai adalah penting dalam penjanaan pangkalan data domain, terutamanya apabila bilangan struktur protein yang diketahui semakin meningkat. Walaupun sempadan domain boleh ditentukan melalui pemeriksaan visual, pembinaan kaedah automatik tidak mudah. Masalah berlaku apabila berhadapan dengan domain yang tidak berterusan atau sangat berkaitan.[49] Hakikat bahawa tiada definisi piawai tentang apa sebenarnya satu domain protein bermakna bahawa tugasan domain sangat berbeza, dengan setiap penyelidik menggunakan set kriteria yang unik.[50]

Domain struktur ialah substruktur globul yang padat dengan lebih banyak interaksi di dalamnya berbanding dengan protein yang lain.[51] Oleh itu, domain struktur boleh ditentukan oleh dua ciri visual: kekompakan dan tahap pengasingannya.[52] Ukuran kekompakan tempatan dalam protein telah digunakan dalam kebanyakan kaedah awal penetapan domain[53][54][55][56] dan dalam beberapa kaedah yang lebih terkini.[26][57][58][59][60]